Mahalli İdareler ve Yerinden Yönetim Yüksek Lisans ve Doktora programları, alanında Türkiye’de ilk kurulan programlardır. Bu programlar 1995’te açılmış olup o günden bu yana aralıksız biçimde yürütülmektedir. Sonraki yıllarda başka üniversitelerde de benzer programlar açılmaya başlanmıştır.

Yüksek Lisans ve Doktora Programlarımızdan mezun olmuş olmuş olan birçok değerli akademisyen ülkemizdeki çeşitli üniversitelerde görevlerini yürütmektedir. Yine mezunlarımız arasında birçok üst düzey yönetici de bulunmaktadır.

2008 yılında ise İstanbul Araştırmaları Yüksek Lisans Programı açılmış olup, bu program da eğitim faaliyetlerine devam etmektedir.

Lisansüstü Programlar M.Ü. Sosyal Bilimler Enstitüsü bağlı olarak yürütülmektedir.